Birodarlar Trisha vabodan vafot etganida uni tiriltirish uchun odamni transmutatsiyasini taqiqlangan alkimyoviy usulini bajaradilar. Natijada, transmutatsiya teskari natija beradi va qonun bo'yicha teng almashinuv bilan chap oyoq va Alfonsning Edvardning butun tanasi vayron bo'ladi. Alfonsning ruhini qutqarish uchun Edvard o'ng qo'lini yo'qotadi va uni zirh kiyimiga qon muhrini bog'laydi. Roy Mustang Eduardni Davlat Alkimyogari tomonidan tadqiq qilinishi kerak bo'lgan Alphonse tanasini tiklash usuli bo'lishga taklif qiladi. Edvard g'alaba qozonib, uning sun'iy post-oyoq-qo'llariga ko'ra "Fullmetal Alchemist" nomiga aylandi.
Uch yildan so'ng, Elrics o'z maqsadlarini amalga oshirish uchun afsonaviy Falsafiy Toshni izlaydi. Marko o'z yozuvlarini ular tomonidan topish uchun yuboradi, ammo ular toshni haqiqatan ham inson qurbonligi qilish uchun muhim omilni bilib olishadi. Mustangning do'sti Maes Xyuz o'z tadqiqotlarini davom ettirmoqda, ammo Gomunkulining strategiyasini topgani uchun hasad bilan yashiringan holda otib o'ldirildi.
Izumi bilan ko'rishgan Elrics, inson tomonidan transmutatsiyani o'lik bolasiga qilganligini bilib oldi. Yolg'onchi homunkulus ochko'zlik Alphonseni ushlaydi, ammo Amestris prezidenti qirol Bredli uni qutqaradi va G'azablangan homunkul sifatida ishlaydi. Shunday qilib, ochko'zlik Homunkulining otasi tomonidan eriydi va qayta so'riladi. Vinri va Elriklar Xyuz bilan birga borish uchun Markaziy Siti shahriga qaytib kelishadi, ammo uning o'tishi haqida bilish. Leytenant Mariya Ross Xuzning qotilligi uchun ramkaga olingan, ammo aftidan Mustang tomonidan o'ldirilgan. Shunga qaramay, Edvard Rossning ketishini sahnalashtirilganini biladi, shuning uchun uni Mustang tomonidan AQShdan Xingga yashirincha olib o'tish mumkin, unga Sinse shahzodasi Ling Yao yordam beradi. Xenxaymni Edvard bilan birlashtirdi, lekin uni uzoq vaqt yashash joyida bo'lmaganligi uchun xor qiladi.
Qissalar rivojlanib borgan sari, Gomunkulilar qahramonlar tomonidan bir necha bor uchraydi. Mustang shahvatni o'ldiradi; Mustang va Ling to'yni tutishadi, ammo u hasadni nolga, Edvard esa Lingga o'xshab qorniga singdiradi. Gluttony Alphonse bilan Otamni kutib oladi, lekin Ling to'g'ri homunkulga aylanadi, aniqrog'i ochko'zlikning eng yangi avatariga, boshqalar Gluttonining qornidan qochganda. "Elrics" Ota qarshi chiqmasa, ularni ta'qib qilishni davom ettirish uchun ozod qilinadi.
Briggs ostidan er osti tunnelini topgan general Olivier Armstrong "Ota va Elriks" ni topib, milliy transmutatsiya guruhini yaratib kelmoqda va o'z fuqarolariga xudolikka ko'tarilish imkoniyatini berish niyatida. Ochko'zlik, Kimbli Xenxaymning ximer minionlari va Edvard bilan birlashib, Otaga va uning oldingi xotiralariga xiyonat qilishni tiklaydi. Hohenxaym o'g'illariga uning o'lik emasligini, to'rt yuz yil oldin Ota tomonidan o'ng tirik faylasuf toshiga aylanganligini tushuntiradi.
Va'da kuni keladi va Ota tutilish strategiyasini boshlashga tayyorgarlik ko'rmoqda va uning qurbonligi sifatida inson transmututatsiyasini amalga oshirmoqchi bo'lganlar. Turli xil qahramonlar Otamning minionlari bilan ziddiyatdalar, chunki barcha Gomunkullar tugaydi. Majburiy Mustangdan so'ng, shuningdek Elrics, Izumi, Hohenheim to'planadi, chunki ota milliy transmutatsiyani faollashtiradi. Shunga qaramay, Scar va Hohenheim amestriyaliklarni qarshi choralar yordamida qutqarish uchun faollashtiradi. Ota ochko'zlikni vayron qiladi, garchi otam yuzida yuzma-yuz tursa-da, qahramonlar unga qarshi kurashib, uning Falsafiy toshini kiyishadi.
Alphonse, otasi bilan bo'lgan so'nggi to'qnashuvda barbod bo'lgan, ammo ruhini o'ng qo'lini tiklashga yordam beradi, u esa o'z navbatida Otaning Toshini buzadi va uni Edvard Haqiqat darvozasiga qaytarib yuboradi. Edvard ruhni va Alfonsning tanasini tiklash uchun alkimyoviy kuchini yo'qotadi. Hohenxaym o'lgan qabrni Trisha jilmayib ko'radi.
