Ushbu manga o'quvchilari Yaponiya tarixidagi mashhur syogunlarga asoslangan maktabda bo'lib o'tadi. Sengoku Gakuen bir paytlar oddiy maktabga o'xshardi, ammo talaba prezident Oda Nobunaga o'qituvchilarni ag'darib tashladi va ularni deyarli kuchsiz qildi. U talabalar uchun va talabalar uchun talabalar maktabini qurdi. Oxir oqibat Nobunaga maktabni tugatdi va Xideyoshini talaba prezidenti vazifasida qoldirdi. Biroq, Xideyoshi tez orada Nobunaga Sengoku Gakuenni boshqarganligi sababli Yaponiyani boshqarishiga yordam berish uchun maktabni tashlaydi.
Hikoya shu erda davom etmoqda, chunki Ishida Mitsunari, o'zini tutgan va konservativ, shu bilan birga mehnatsevar bola va ko'plab prezident izdoshlari bo'lgan vaqtinchalik maktab prezidenti Tokugawa Ieyasu bilan maktab prezidenti o'rindig'i uchun kurashmoqda. Biz boshqa taniqli shaxslarni ham Ootani Yoshitsugu singari hamkasblari sifatida ko'ramiz, u Mitsunari va Nobunaganing singlisi Oichiga sadoqat bilan ergashmoqda. Talabalar birlashmasining prezidenti lavozimini kim egallaydi va maktabni boshqaradi?
