2065 yilda Yer Nova deb nomlangan qo'shimcha o'lchovli musofirlar bilan urush markazida. Qurolli kuchlar g'ayritabiiy jangovar qurol tizimlari va ko'nikmalarini namoyish etish uchun "Stigmata" (Seikon) deb nomlangan maxsus genetik to'qimalardan foydalana oladigan qizlari Pandoralarni ishlab chiqadi va o'qitadi. Pandoralarni "Limiters" deb nomlangan erkak sheriklar qo'llab-quvvatlaydilar, ular raqobat erkinligini cheklash uchun "muzlatish" kuchlaridan foydalanadilar.
Ushbu cheklovchilarning har biri - Kazuya Aoi, uning marhum singlisi Pandora edi. Kazuya Yaponiyadagi G'arbiy Genetika akademiyasida o'qiyotganida, o'zini tutib turmaydigan uslubi va o'ta aftofobiyasi bilan kuchli Pandora, "Untuchable Queen" laqabli Satellizer el Bridget bilan uchratadi. Maktabdoshlarining Satellizerdan qochish haqida ogohlantirishlariga qaramay, u Kazuya bilan do'stlashdi va uning cheklovchisi bo'lishni iltimos qildi. Satellizer tez orada Rana Linchen ismli muhabbat munosabatlaridagi raqobatga tushib qolsa ham, Satellizer uni almashtirishga rozilik beradi. Novalar o'zlarining nazorati ostidagi Pandoralardan foydalangan holda kollejlariga hujum qilib, institutning er osti laboratoriyasiga kirish uchun ularning raqobati to'xtatiladi.
Satellizer va Kazuya G'arbiy Genetika o'quvchilarining bir nechtasini Alyaskadagi laboratoriyaga qo'shmoqdalar, u erda Evolution Pandora (E Pandora) vazifasi bilan birgalikda yordam berishlari mumkin, bu oddiy ayollarga Stigmata transplantatsiyasini Pandoras bo'lishiga imkon beradi. E Pandoralar orasida biri janjalga tushganda, boshqalari tajribadagi dorilar xavfli emasmi, lekin menejer bilan bir qatorda biznes tashkilotning xohishlariga bo'ysunish uchun qilinganmi, degan savolni berishadi. E-Pandora Amelia Evans, ular sarflanmaguncha, ulardan foydalanish kerak bo'lganligini bilib, qo'zg'olonni Nova to'qnashuvida to'liq ko'tarilishiga olib keladi.
Kazuya o'z oilasining Pandora bilan bir qatorda Novaga va uning aloqalari haqida ko'proq bilib oladi. Kazuyaning bobosi Gengo Aoi xuddi shu ishni topdi, bu Ra'no va Satelizerni Valkyries ismli ayollar bilan noyob jamoaga qo'shib qo'ydi. Shunga qaramay, Pandoralar tomonidan tayyorlangan "Nova" tomonidan ishlab chiqilgan "Nova" bilan namoyish etilgan namoyish davomida, aldanishlar Pandoralar tomonidan boshdan kechirilmoqda, shuningdek, qo'pol Novalar Genetika-ni yo'q qiladigan 100-yillardagi Novaning legioniga aylanadi. Gengo buni Kazuya xola bo'lgan afsonaviy Pandoralarni ochib beradi. Chevalier Gengoni o'ldirish uchun Busters deb nomlangan bir necha mahkumni ish bilan shug'ullangan, afsonaviy Pandoralardan bir nechtasi o'limga olib keladigan Novaga aylanganida, ammo topshiriq buzilgan.
